La struttura, ubicata nel centro storico di Roma, nei pressi della Bocca della Verità e a poche centinaia di metri dal Campidoglio,  è composta da   Chiesa,  Oratorio ,  Chiostro ed al suo interno si trovano l’Archivio Storico,  la Biblioteca  e la  Camera Storica che custodisce gli antichi cimeli utilizzati dai confratelli nel loro ufficio di conforto dei condannati a morte.

Tra i cimeli vi è  il cesto per contenere la testa del condannato, il coltello per tagliare le corde,  le tavolette decorate su ambo i lati portate in processione e un inginocchiatoio probabilmente usato nel conforto di Beatrice Cenci giustiziata l’11 settembre 1599.  Il complesso è  impreziosito  dalle opere di artisti tra cui Giorgio  Vasari,  Jacopino Del Conte, Francesco Salviati,  Jacopo Zucchi,  Pirro Ligorio e Pomarancio   rappresentando  il ciclo più importante di decorazione manieristica della  metà del Cinquecento.  I lavori della fabbrica di San Giovanni Decollato, furono affidati al confratello Giovanni Battista da Sangallo che si occupò anche della trascrizione del  De Architectura di Vitruvio ora conservata nell’Archivio storico insieme a più di 2000 pezzi tra carte sciolte, fascicoli, filze, e pergamene che, nel loro insieme, testimoniano l’attività del Sodalizio fin dalle origini.  

La Arciconfraternita di San Giovanni Decollato detta della Misericordia  fu la prima Compagnia laica di origine fiorentina   ad offrire a Roma  conforto e assistenza spirituale ai condannati a morte. 

Fu  ufficializzata con bolla pontificia nel 1490 da  papa Innocenzo VIII e nel 1540 papa Paolo III le accordò il privilegio di liberare un condannato a morte  all’anno.  Per potere meglio adempiere al proprio ufficio, ai confratelli venne offerta da Innocenzo VIII la chiesa Santa Maria della Fossa, alle pendici del Campidoglio, con l’obbligo di ricostruirla. 

L’Arciconfraternita annovera tra i propri membri uomini illustri, quali Michelangelo Buonarroti, Giorgio Vasari, e il  card. Roberto Bellarmino (1542-1626) - proclamato Santo nel 1930, nonché Papa Clemente VIII, Papa Urbano VIII e Papa Clemente XII.