II Museo è disposto in otto sale: Zoologia, Botanica - Funghi, Mineralogia Cristallografia, Rocce eruttive e metamorfiche, Rocce sedimentarie, Ere geologiche, Fossilizzazione, Geomorfologia del territorio.

Le prime notizie della presenza in Seminario di un gabinetto di Fisica con annessa collezione di conchiglie "pietrificate" risale alla prima metà del secolo XIX. Il materiale, che nella seconda metà del XIX secolo aveva subito seri deterioramenti, è stato riordinato ed arricchito da Mons. Bianchini (1874-1938) alla cui abilità tecnica si devono: i modelli in gesso di funghi, le tavole anatomiche di Zoologia e Botanica, e gli animali preistorici esposti in museo.

A don Antonio De Nardi, (1928-1994) stimato insegnante di Scienze ed appassionato ricercatore, si deve la creazione di questo Museo di Scienze Naturali in cui trovano conveniente sistemazione: il materiale naturalistico preesistente, le raccolte di rocce e fossili dello stesso don Antonio e quelle di altri vittoriesi che a lui hanno affidato i loro preziosi reperti.

A don Antonio si deve anche la creazione di pannelli e schemi esplicativi che rendono il museo facilmente fruibile sia da studenti, che vi trovano illustrati i percorsi didattici, che da un più vasto pubblico desideroso di conoscere significative collezioni geologiche della terra veneta.