Il complesso monastico, singolare e unico nel suo genere, legato alla sua particolare collocazione, nella baia di Capodimonte, comprende: la chiesa, il chiostro e l’abbazia. La sua origine è legata allo spostamento delle reliquie di San Fruttuoso nella baia, intorno all’ VIII secolo, da parte monaci greci.

L’abbazia risale al X-XI secolo, ad eccezione del corpo affacciato verso mare che è databile al XIII secolo, composto da due ordini di trifore, la cui tipologia riconduce ai palazzi nobiliari genovesi. La torre nolare realizzata nel X secolo circa, in principio a calotta sferica, seguendo il canone artistico dei bizantini, in seguito venne sovrapposta da una torre ottagonale.

Il chiostro dell’abbazia, fu costruito nel XII secolo e in seguito venne modificato per volere di Andrea Doria, oggi è composto da due ordini di arcate. Al piano superiore, un deambulatorio con volte a crociera impostate su colonne si affaccia sul cortile a pianta quadrata, la parte inferiore venne adibita a sepolcro dei componenti della famiglia Doria morti tra il 1275 ed il 1305, si tratta di tombe sormontate da arcosolii a sesto acuto alternate da strisce bianche e nere, tipiche dell’arte ligure, oltre alle tombe della nobile famiglia genovese figurano altri due sepolcri e un antico sarcofago romano.

Nel XVII secolo il complesso subì una vera e propria decadenza strutturale, alcuni ambienti vennero adibiti a ovile, altri a legnaia, nel 1730 intervenne Camillo Doria, provvedendo ad un restauro, che restituì alla chiesa la sua funzione originaria.

Nel 1915, un’alluvione distrusse parte del complesso, che venne restaurato nel 1933 dallo Stato. Nel 1983 la famiglia Doria Pamphili donò al FAI il complesso di San Fruttuoso, e nel 1985 iniziarono i lavori di restauro.