Il Museo è ubicato nella Torre di Ligny, eretta nel 1671 su ordine del viceré don Claudio La Moraldo, principe di Ligny. Qui sono esposti reperti preistorici e protostorici. Si articola in due sezioni:

- quella preistorica al piano terra presenta reperti ritrovati nella provincia di Trapani

- quella archeologica marina al primo piano, dove sono esposti oltre 100 oggetti provenienti dai fondali del Mediterraneo: anfore, ancore, suppellettili di epoca greca, romana e punica.

Uno dei reperti archeologici più importanti è un Elmo in bronzo recuperato sui fondali di Trapani. L'elmo esposto è del tipo a calotta con apice a cannello e presenta una piccola visiera in prosecuzione della calotta come negli elmetti attualmente in dotazione alle forze armate. Lateralmente presenta due spaccature, una per ogni lato, di cui quella di sinistra è molto stretta, mentre quella di destra è rotonda ed ampia e farebbe pensare ad un colpo ricevuto dal suo possessore . Ai lati, nell'interno in basso, vi sono due placche che servivano presumibilmente per l'attaccatura dei sotto guancia. L'elmo misura 24 cm. in altezza , ha una circonferenza di 70 cm. mentre il diametro interno è di 22 cm. nel senso della lunghezza e di 20 cm. in quello della larghezza. L'apice a cannello ha un foro interno con diametro di 2 cm. e presenta esternamente delle incisioni ad archi doppi. Prima dell'opera di restauro quasi la metà della superficie si presentava coperta da incrostazioni di animali di scogliera. L'Elmo è datato IV - III sec. a.C.

E' possibile accedere al terrazzo della torre, dal quale si gode lo splendido panorama che spazia da Capo San Vito fino a Marsala e Mozia comprendendo la città di Trapani il monte Erice e le isole Egadi.