Il santuario sotterraneo dedicato a Sant'Efisio e a San Gregorio Magno è strutturato in due ambienti che originariamente erano separati da un'inferriata: il vestibolo e il santuario. Nel primo, a pianta rettangolare con copertura a botte, cinque nicchie per lato ospitano busti di Santi legati alla tradizione francescana. Nel secondo ambiente, sempre a pianta rettangolare e voltato a botte, si trovano numerosi altari e simulacri in stucco policromo realizzati dal Mutoni e dal Corbellino. Le tempere nella volta sono state eseguite dagli Are.

L'oratorio di San Michele Arcangelo venne eretto tra il 1758-1759 su modelli lombardi importati dal Quallio e dai suoi collaboratori. La cupola dell'edificio è decorata con le tempere di Gregorio Are. All'interno del Convento è conservata una preziosa collezione di dipinti del Seicento e del Settecento, eseguiti da artisti che hanno lavorato nel cantiere francescano: Antonio Todde, Giuseppe Lopez e Pietro Antonio Are.