Il museo è un vero e proprio centro di raccolta di reperti naturali e di manufatti che tiene viva la memoria di un passato naturale quanto artigianale. Nelle sue otto sale sono conservati esemplari della flora (interessante la collezione micologica) e della fauna dell'Etna (una ricca raccolta di esemplari imbalsamati, alcuni in via di estinzione, e una collezione di farfalle fra le quali l'Anthocaris damone, farfalla tipica delle zone dell'Etna), oltre a ritrovamenti minerali rappresentativi della particolare tipologia del vulcano (reperti di lava preistorici e più recenti come le "bombe vulcaniche" di tutta l'area etnea). Varie vetrine ricostruiscono invece la vita quotidiana delle popolazioni dell'Etna: manufatti in pietra lavica, catenacci, imbuti, ferri da maniscalco, numerosi attrezzi per la lavorazione dell'uva. La biblioteca contiene circa 960 volumi riferiti all'attività dell'Istituto.