Il museo espone una serie di calchi di crani, che vanno dall'australopiteco all'uomo moderno, insieme ad una ricca campionatura di strumenti litici e di resti faunistici, illustrano le principali fasi dell'evoluzione umana. Significativi aspetti della vita agropastorale nel Bronzo-Medio sono testimoniati dai reperti ceramici, bronzei e ossei rinvenuti nella zona.

Nella sezione romana, dedicata all'antica Setia e al suo territorio, risaltano i materiali di terracotta e di bronzo provenienti da vari santuari dell'area setina, che evidenziano l'importanza dei luoghi di culto nell'era repubblicana. Notevoli, inoltre, la collezione numismatica ed epigrafica e numerosi altri materiali, come quelli provenienti da Forum Appi, importante stazione di posta lungo la Via Appia.