All’interno dei Giardini Estensi, racconta con reperti talvolta unici la preistoria europea, dal Neolitico all'età del Bronzo, e la protostoria del territorio locale. L’isolino del Lago di Varese, il Pizzo di Bodio-Bodio Lomnago e la Cultura di Golasecca testimoniano infatti la storia antichissima di questi luoghi. La successiva e progressiva assimilazione culturale da parte di Roma è ripercorsa nella sezione romana. Il racconto della storia ci conduce fino al grandioso dipinto di Eleuterio Pagliano Sbarco dei Cacciatori delle Alpi a Sesto Calende, dove un progetto multimediale site specific narra le vicende della battaglia di Varese del 1859.

La Villa deve il proprio nome al luogo, posto storicamente al limitare della città, da cui ammirare il panorama sul Lago di Varese.

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