Il museo è situato negli spazi attigui al Santuario di Nostra Signora di Bonaria, sul colle omonimo, in un edificio di origine aragonese e sede dell'ordine dei Mercedari, noti soprattutto per l'impegno profuso nei secoli in favore della liberazione degli schiavi.

Il Santuario, invece, deve la sua notorietà al simulacro ligneo della Madonna approdato sulla spiaggia antistante nel 1370, ed al conseguente affermarsi di un forte culto della Vergine quale protettrice dei naviganti.

II cimeli raccolti sono, in larga parte, ex voto di scampati al naufragio o alla schiavitù, tuttavia non mancano offerte di sovrani e di gente dal nome illustre come per esempio, le corone d’oro offerte, nel febbraio 1816, da Vittorio Emanuele I e da Maria Teresa. Paramenti, ostensori, calici e reliquari preziosi, dono di principi e prelati, si infittiscono nelle vetrine. Dall’alto di una parete luccica la grossa ancora d’argento offerta dalla Regina Margherita di Savoia. Sciabole, decorazioni, monete, porcellane e perfino scandagli e bombe riempiono le vetrine.