Nel 1982, l'istituto di Scienze Botaniche dell'Università degli Studi di Milano viene incorporato nel Dipartimento di Biologia, presso il quale si trova oggi il Museo Botanico. La ricca collezione botanica, ivi ospitata, comprende antichi erbari provenienti da raccolte universitarie o personali di scienziati che dal 1871 fino ai giorni nostri hanno contribuito ad arricchire il nucleo originario della collezione. Il Museo collabora con il Museo Civico di Storia Naturale di Brescia, il Museo Civico di Storia Naturale ed Orto Botanico di Bergamo.