Il museo nasce da una ricca collezione naturalistica che il prof. don Michelangelo Ambrosioni, docente di scienze presso le scuole del Civico Collegio "A. Manzoni" di Merate, raccolse durante gli oltre 40 anni di insegnamento, sul finire dell'Ottocento e i primi 35 anni del Novecento. Provvide anche personalmente all'ideazione e alla realizzazione di un'esposizione museale didattica presso il collegio.Dopo la sua scomparsa, l'intera collezione fu donata al Comune di Merate che nel corso degli anni ottanta decise di rivalutarla in termini divulgativi e scientifici, facendo nascere l'attuale museo naturalistico. Attualmente le collezioni sono esposte presso alcune sale situate nell'ex collegio Manzoni, nella stessa sede della biblioteca comunale.